Ylintä toimivaltaa kunnassa käyttää neljän vuoden välein valittava kunnanvaltuusto. Kunnanvaltuusto valitsee kunnanhallituksen, joka vastaa kunnan hallinnosta ja taloudenpidosta sekä valtuuston päätösten valmistelusta, täytäntöönpanosta ja laillisuuden valvonnasta. Kunnanhallitus on valittu kahdeksi vuodeksi.
Samoin kunnanvaltuusto valitsee lautakunnat, joita Merijärvellä on viisi kappaletta. Merijärven kunnanvaltuustoon kuuluu 13 jäsentä ja hallitukseen 7 jäsentä. Lautakunnissa on pääsääntöisesti 7 jäsentä. Tarkastuslautakunnassa on 3 jäsentä ja keskusvaalilautakunnassa 5 jäsentä.