
Merijärven puinen ristikirkko rakennettiin vuosina 1779-1781 nykyiselle paikalleen Jussilanniemelle. Sen kahtapuolta lainehtivat silloin järvet, Tähkijärvi ja Merijärvi.
Kirkon rakentaja, Simon Jylkkä-Silvén (1747-1798) oli kotoisin naapurista, Kalajoen Metsäkylästä. Hän oli kirkonrakentaja Matti Jylkän poika. Silvénin omia piirustuksia ei hyväksytty Tukholman yli-intendenttivirastossa, vaan sieltä lähetettiin uudet, jotka Kustaa III oli omakätisesti allekirjoittanut.
Kirkon vihki käyttöön 8.7.1781 Pyhäjoen seurakunnan kirkkoherra Johan Westzynthius. Samalla se sai nimen "Sophia Magdalena" kuningattaren mukaan.
Lähes 40 vuotta kirkko seisoi vuoraamattomana hirsikirkkona. Ensimmäisen värinsä se sai vasta 1830-luvulla, jolloin se maalattiin punamullan ja tervan sekoituksella. Väri vaihdettiin keltaiseksi vuonna 1905.
Kirkossa suoritettiin perusteellinen korjaus vuonna 1953, jolloin uusittiin lattia ja penkit, rakennettiin urkuparvi ja asennettiin lämmityslaitteet ja sähköt sekä suoritettiin sisämaalaus. Joulupäivän 1973 tulipalon jälkeen kirkon kaikki sisämaalaukset, lämmistysjärjestelmä ja valaistus uusittiin. Kirkon nykyinen ulkomaalaus on vuodelta 1980.

Merijärven kirkon kellotapulin suunnitteli vuonna 1796 Sven Westman Tukholmassa. Piirustukset vahvisti allekirjoituksellaan herttua Kaarle. Tapuli rakennettiin vuonna 1799 vajaan kuukauden aikana kalajokisen Joh. Blomströmin johdolla.
Tapulin alaosan erikoinen muoto on Suomessa harvinainen ja sen kunnossapito tuottaa vaikeuksia. Tapuli on viimeksi kunnostettu vuonna 1980.
Kirkonkelloja on kaksi. Vuonna 1781 hankittu vanha kello, ns. naisten kello, on valettu Tukholmassa ja se painaa 308 kiloa. Siinä on teksti profeetta Jesajan kirjasta:
"Tulkaat astukaamme ylös Herran vuorelle,
Jakobin Jumalan huoneeseen,
että hän opettais meille teitänsä,
ja me vaeltaisimme hänen poluillansa."
Jes. 2:3
Seurakunnan itsenäistymisen yhteydessä vuonna 1909 hankittu isompi kello, ns. miesten kello, on valettu Saksassa ja se paina 398 kiloa. Siinä ovat isänmaan virren sanat:
"Oi Herra, siunaa Suomen kansa,
suo sille runsas armosi,
se että kaikiss vaiheissansa
sun oma kansas olisi!
Suo uskollisuus, vakuus meille,
menestys elämämme teille!"
AlttaritaulutNykyinen alttaritaulu on Merijärven kolmannen kanttorin pojan, Jeremias Alinin (1850-1916) käsialaa. Alin oli maalamassa sisältä kotikirkkoaan vuonna 1877 ja maalasi samassa yhteydessä alttaritaulun.
Kirkon eteläristillä säilytettävän vanhemman alttaritaulun on maalannut Keski-Pohjanmaalla 1700-luvun lopulla kirkkomaalarina toiminut Thomas Kiempe (1757-1808). Tekijä varmistui vasta 1970-luvulla. Molemmat taulut on entisöity Museoviraston toimesta vuonna 1975.
Merijärven kirkon seinustalla seisova vaivaisukko edustaa pohjoispohjalaista tyyliä. Se muistuttaa koppalakkeineen ja hännystakkeineen Suomen sodan (1808-1809) sotainvalidia enemmän kuin tavallista kerjäläistä. Vaivaisukko hankittiin vuonna 1935.
Merijärven kirkon urut vuodelta 1882 ovat historiallisesti arvokkaat. Ne ovat vanhimmat, lähes alkuperäisinä säilyneet B. A. Thulén (1846-1911) rakentamat urut. Samalla ne ovat viime vuosisadan viimeisiä mekaanisia urkuja maassamme. Ne ovat Pohjois-Suomen vanhimmat käytössä olevat urut. Merijärvelle nämä urut siirrettiin vuonna 1954 Alastaron kirkosta. Uruissa on 12 äänikertaa.
